学院现有“城市水循环管理与水环境建设团队”、“水污染控制与水质安全保障科研团队”、“膜分离技术创新团队”、“废水生物处理理论与技术科研团队”、“生态脆弱区水环境保护与资源化利用团队”5个重点学科团队。